Atemwegskrankheiten kommen bei Kindern mit einer operierten Ösophagusatresie häufiger als bei anderen Kindern vor. Bronchitis und Lungenentzündungen treten häufiger auf und verlaufen schwerer als bei gesunden Kindern. Auch banale Infekte beeinträchtigen die Kinder länger und lösen fast stets auch Husten aus.

Bei besonders häufigen und schwerwiegenden Atemwegserkrankungen können eventuell folgende Ursachen der Grund sein:

Eine Haarfistel (haarfeine Verbindung zwischen Speise- und Luftröhre oder Bronchien). Durch diese Verbindungen wird die Flüssigkeit, die sich in der Speiseröhre befindet, unbemerkt eingeatmet.

Eine pulsierende Luftröhre (Trachea): Bei Kindern mit Ösophagusatresie liegt die Luftröhre am Ösophagus besonders eng an. Damit wird sie zwischen dem Aortenbogen vorne und hinten wie in einer Schraubzwinge eingespannt. Der hohe Druck der Pulswelle im Herzen am Aortenbogen presst die Trachea bei jedem Herzschlag zusammen, so dass sich Vorder- und Rückwand der Trachea einander nähern.

Eine Tracheomalazie (Luftröhrenerweichung) ist bei der Mehrzahl der Kinder mit Speiseröhrenfehlbildung während des ersten Lebensjahres vorhanden.

Weiterhin sind Fehlbildungen der Luftröhre und des Bronchialbaums bei der häufigsten Form der Oesophagusatresie, beim Typ IIIb nach Vogt, typisch. Eine Fistel mündet von hinten her in die Luftröhre ein und zwar genau an der Stelle, an der sie sich in ihre beiden Hauptbronchien aufzweigt. Nach dem Verschluss der Fistel bildet sich häufig an der Aufteilungsstelle ein dicker Wulst, der die Abgänge der beiden Hauptbronchien verzieht und beengt. Dadurch können zahlreiche Entzündungen in diesem Lungenanteil auftreten.