Beim gastroösophagealen Reflux tritt Magensaft in die Speiseröhre ein, da die Kardia (Übertritt Speiseröhre-Magen) teilweise oder völlig unfähig ist zu schließen. Diese Unfähigkeit zu schließen nennt man Kardia-Insuffizienz. Bei Babys ist diese Fähigkeit sowieso noch nicht richtig ausgebildet, was sich auch dadurch zeigt, dass sie viel öfter spucken. Das legt sich aber bei gesunden Babys mit der Zeit durch sogenannte Antirefluxmechanismen.

Der Mageninhalt entleert sich normalerweise in das Duodenum (Zwölffingerdarm). Beim gastroösophagealen Reflux werden aber große Teile des Mageninhalts wieder in die Speiseröhre zurückgepresst. Ein geringfügiger Rückfluss findet bei jedem Menschen statt und ist bedeutungslos.

Magensaft ist sauer, hat also einen wesentlich niedrigeren pH-Wert als der übliche Speisebrei, der vom Mund aus durch die Speiseröhre transportiert wird. Für vermehrten Rückfluss sauren Mageninhalts ist die Speiseröhrenschleimhaut nicht eingerichtet - sie wird dadurch regelrecht verätzt. Dies nennt man dann Refluxkrankheit, weil die angegriffene Schleimhaut mit Entzündung reagiert, mit Ösophagitis. Es können sich Geschwüre und schließlich narbige Verengungen (Stenosen) meist in der unteren Speiseröhre bilden.

Hinweise auf eine Refluxkrankheit sind bei kleinen Kindern Nahrungsverweigerung, häufiges Erbrechen und Unruhe beim Trinken, langes nächtliches Weinen.

Zur eindeutigen Diagnose dienen Röntgenuntersuchungen (Breischluck), Säuremessungen des Ösophagus (PH-Metrie) und Endoskopie (Spiegelung) unter Narkose.

Eine Behandlung erfolgt zunächst mit Medikamenten. Bei langwierigen Fällen ist eine Antirefluxoperation (Fundoplikatio) nötig.

Viele Betroffene haben nach operierter Ösophagusatresie und tracheo-ösophagealer Fistel auch einen gastro-ösophagealen Reflux.